Das große Gloomhaven hat eine Reihe Sachen drumherum. Am bedeutendsten sind vermutlich die Lebensziele der Charaktere – wenn man diese erfüllt hat, geht der Charakter in Ruhestand und man schaltet den nächsten frei. Der Rest sind, würde ich sagen, Kleinigkeiten. Z.B. „reist“ man zu den Missionen auf der Karte und muss auf dem Weg dorthin eine Begegnung abhandeln. Bei PdL gibt es ja nur die Stadt-Begegnungen.
Ich glaube es gibt Kleinigkeiten, die beim Monster Movement geändert wurden, aber da tut man sich keinen Abbruch, wenn man mit PdL-Regeln spielt. Und was mir aufgefallen ist: bei PdL aktiviert ein Mana-Trank das Element explizit im aktuellen Zug (und kann also sofort verwendet werden). Das finde ich nur logisch und haben wir im alten Gloomhaven sowieso immer so gehouserult.
Edit: ich habe einen BGG-Thread gefunden, der Unterschiede auflistet.