Ich will bei einem einzigen Kartenset bleiben und nicht vorher Kartendecks thematisch rumsortieren...
Richtig ist: Das nachträgliche Aussortieren ist umständlich und zeitraubend. Ein ähnliches Problem kennt man auch von einigen anderen Spielen mit Karten aus Erweiterungen, z.B. TFM, wenn man da Colonies- oder Venus-Next-Karten eingemischt hat.
Aber: So ein großes Problem ist das in der Clank-Praxis nicht. Die Kartenauslage ist offene Information. Da kann man auch gut das Aussortieren auf das Spiel verschieben. Wenn man ohne Sunken Treaures (bzw. Mummy's Curse) spielt und es taucht beim Nachlegen des Marktes eine Karte auf, die nur auf dem entsprechenden Spielplan funktioniert, dann legt man sie direkt in die Schachtel und ersetzt sie durch die nächste. Klingt vielleicht umständlich, ist es aber überhaupt nicht. Weil jeder nach dem Aufdecken sowieso alle neuen Karten der Marktreihe anschaut, ist das schnell machbar. Venus Next Karten aus TFM "on the fly" rauszuwerfen, ist deutlich hakeliger, weil es keine offene Auslage gibt, sondern Karten erstmal geheim sind.