Zur Lagerung und zum Aufbau, denke ich sind räumliche und visuelle Trennung hilfreich um den Aufbau zu verkürzen.
In der 1. Grundbox habe ich mir ein Inlay gebastelt, in dem ich nach Farben getrennt alles zum Deckbau aufbeware. Mein aktuelles Deck habe ich in Sleeves mit farbigen Rückseiten. Beim Spielen mit mehreren Ermittlern nehme ich dann jeweils unterschiedliche Farben. So habe ich das Deck immer flott parat. Außerdem ist hier der Stoffbeutel mit dem aktuellen Counterset.
Zu dem habe ich mir jeweils die passenden Rückkehr-Boxen geholt (bei mir "nur" Zeloten und Carcosa) und da jeweils die Begegnungs- und Szenariokarten. Damit bin ich auch nur bedingt glücklich, da man Sachen aus der Corebox sowohl für Carcosa als auch die Nacht der Zeloten braucht... So lang kein weiterer Zyklus dazu kommt, geht das aber ganz gut so.
Alles was über ist, was ich zum Spielen erst mal nicht benötige (extra Counter, Kartenhüllen, Anleitungen etc.), habe ich in der 2. Corebox damit das beim Aufbau nicht stört.
Ich denke man muss da jeweils eine für sich passende Lösung finden. Etwas perfektes habe ich noch nicht gefunden. Aber vielleicht helfen dir meine Beschreibungen, beim Entwickeln eines eigenen Systems.