Außer Thalia fällt mir da nicht wirklich was ein 
Also wenn du mobil bist: in Jena gibt's in der Innenstadt ein Brettspielcafe. Das soll ganz schön sein. Mein Bruder ist da regelmäßig zu gange .
Das Café Tillis ist wirklich sehr empfehlenswert und immer gut besucht (am besten vorher Tisch reservieren). Vom Bahnhof aus muss man auch nur den Berg immer geradeaus runtergehen. Im Café ist auch ein kleiner Shop. Ansonsten sieht es in Thüringen eher mau aus. In Jena gibt es noch das Battlecry, der Fokus ist aber eher Tabletop.
Spielwaren Schössler in Weimar hat durchaus ein paar Brettspiele mehr als der Standardspielzeugladen (HiG, Lookout, …) - wenn ihr dort seid, schaut mal rein. Extra dafür hinfahren lohnt sich eher nicht.
Der Hugendubel am Anger in Erfurt hat auch eine kleine Auswahl, ebenso der Comic Attack (primär Pegasus). Generell sieht es in Thüringen, auch in den größeren Städten wie Erfurt, Weimar und Jena mau aus, wenn man ein „echtes“ Brettspielfachgeschäft sucht.
