Signal wird hier oft als sicherste App bezeichnet und das mag für die Verschlüsselung und den Daten auf den Servern stimmen, aber findet ihr nicht, dass die eigene Telefonnummer zur Anonymität und Sicherheit dazu gehört?
Wenn Du möglichst anonym kommunizieren willst, sprich dein gegenüber spricht auch nur mit einer anonymen Person dann spielt die Telefonnummer eine Rolle. Wenn Du nicht möchtest das der Anbieter deine Telefonnummer hat (die mit deiner Person verknüpft werden kann) hat dann spielt das eine Rolle.
Ansonsten spielt das für die Vertraulichkeit der Gespräche keine Rolle.
Nehmen wir das Beispiel Signal, deine Nummer ist dort Teil deines Profils also für den Anbieter bekannt.
Signal kann aber nicht sehen welche 1-X Benutzer miteinander tatsächlich kommunizieren (bis auf die IP die techn. notwenig ist).
Soweit ersichtlich (leider ist threema nicht so gut dokumentiert wie Signal) weiß Threema zumindest theoretisch zum Zeitpunkt des Versandes der Nachricht, wer mit wem schreibt (die Threema Ids)
Einen Vorteil hat die Telefonnummer noch, es macht das entdecken neuer Kontakte sehr einfach und es ist, wenn auch eine schwache, Verifikation das ich tatsächlich mit der Person schreibe von er ich glaube mit ihr zu schreiben.