Die Thrawn Trilogie von Zahn ist ebenso gut wie seine spätere "Hand von Thrawn"-Duologie. Beide sind für mich persönlich das Nonplusultra des SW-Expanded Universes.
Was übrigens oft vergessen wird, ist die ebenfalls herausragende "Jedie Akademie"-Trilogie von Kevin J. Anderson, die am Reboot des Franchises Mitte der Neunziger ebenso beteiligt war wie Zahns Thrawn-Trilogie.
Beide Trilogien sind im Grunde ein Muss und wirklich hervorragendes Material.
Die Einzelromane sind immer eine Wundertüte, darum überspringe ich sie hier mal und konzentriere mich auf die großen Sagen.
Die Geister scheiden sich ein wenig bei der Yuuzhan Vong-Saga (Offiziell die "Erbe der Jedi-Ritter-Reihe".) Ich persönlich fand sie hervorragend, auch wenn es natürlich bei einer Reihe von 20 Bänden von 8 Autoren einige Hänger gibt, aber sie hat das Universum für mich hervorragend erweitert und hatte einige richtig gute Highlights zu bieten (Band 13, "Verräter", bleibt eines meiner absoluten SW-Highlights.)
Die späteren Sagas kamen da nicht mehr ran, auch wenn die "Wächter der Macht Reihe" (9 Bände) nochmal einige emotionale Höhepunkte brachte. Für mich persönlich war das irgendwie der Abschluss der ganzen Saga. Die "Das Verhängnis der Jedi Reihe" hat nochmal versucht, ein paar neue Fäden zu spinnen, aber dann kam Disney, das gesamte Expanded Universe wurde zum Nicht-Kanon erklärt, und damit endete die Reise dann auch ... 
Und einen Einzelroman empfehle ich dann doch noch: Darksaber (von Kevin J. Anderson) ist quasi der inoffizielle vierte Band seiner Jedi-Akademie-Reihe und ebenfalls wirklich zu empfehlen.
Und Survivor's Quest ist zwar nicht der beste Roman der Reihe, aber ein guter Hintergrundband für die Yuuzhan-Vong-Saga.