[Kurz mal OT:]
Warum das vom Zoll kommt, keine Ahnung.
Weil die Kraftfahrzeugsteuer eine Bundessteuer ist und die Bundesfinanzverwaltung den Einzug dann über die Zollämter erledigen lässt. Zoll ist sonst so ziemlich die einzige andere (reine) Bundessteuer, die direkt beim Endverbraucher abkassiert wird (anstatt indirekt ein Produkt durch Abgaben des Herstellers/Anbieters zu verteuern, wie bei Versicherungssteuer, Tabaksteuer oder Kaiserliche-Kriegsmarine-Finanzierungs-Steuer a.k.a. Sektsteuer).