Vorab ein Gegenfrage: Warum eine PDF-Datei? Wenn der Inhalt als URL aufrufbar sein soll und der Inhalt selbst Bilder als Links sind, da wäre doch eine Website naheliegend. Sprich in Eurem Content-Management System müsste Eure Website Kollege das doch wunderbar bauen können.
Zu deiner eigentlichen Frage habe ich auf die Schnelle nicht viel erhellendes gefunden. Ein Artikel hat davon geredet, das der PDF-Interpreter von Safari in iOS sehr empfindlich sein soll was Leerzeichen angeht. Sprich hast du vor oder nach den URLs evtl. ein Leerzeichen? Intelligente PDF-Interpreter ignorieren dies, aber lt. dem Artikel soll dies den Safari überfordern.
Zu deiner zweiten Frage, ich bin mir relativ sicher das dies eine Einstellung beim Gerät ist, welches das Dokument öffnet, sprich darüber dürftest du keine Macht haben.