Sind beide Punkte für dich eher unwichtig, dann entsscheidet wohl nur die Genrepräferenz auf deiner Seite. Spielmechaniken sollen wohl wirklich sehr ähnlich sein und wie du schon sagtest, ist GP einfach konsequent weiterentwickelt und "runder".
Also um wenigstens mal eine Gegenmeinung zu nennen bzgl. des „runder“: Gaia Project ist bei meiner Frau (knapp 100 Spiele Terra Mystica am Tisch und 50 online) damals gnadenlos durchgefallen. Hauptgrund von ihr war eigentlich gerade, dass das Spiel nicht mehr so elegant ist, sondern beispielsweise rund um das Thema Gaia-Planeten aufgeblasen und konstruiert wirkt. Ihr Worte waren sinngemäß: „alles, was Terra Mystica so toll macht, fehlt dem Gaia Project.“ Ich sehe es weniger drastisch, habe das GP damals bei BGG aber auch etwas unter Terra Mystica bewertet (aber immerhin noch mit 9/10!). Ich will damit nur sagen, dass man die Weiterentwicklung schlecht objektiv als besser einordnen kann/sollte. Das ist Geschmackssache.
Um das näher einschätzen zu können, darf ich fragen wie viele Partien GP deine Frau gespielt hat? Solche Aussagen sind für mich schwer einzuordnen, denn wenn man ein Spiel über 300 Stunden spielt, dann kommt es oft vor dass man Neuerungen, ob sinnvoll oder nicht, mit Widerstand entgegentritt. Wenn sie so 1-3 Partien gemacht hat, ist das wenig aussagekräftig, wenn es hingegen so 10-15 wären, schon deutlich mehr. Hoffe du verstehst was ich meine 
Aber ich stimme voll zu, es ist absolut Geschmacksfrage. Kann es selber nicht beurteilen. Ich kann nur für mich sprechen und sagen, dass GP schon nach wenigen Spielen zu meinen Lieblingsspielen aufsteigen konnte und nach über 10 Spielen ist es sogar gleich auf Platz 1 (zusammen mit Schach, was ich für undenkbar hielt). TM kann ich zwar nicht beurteilen, aber die Punkte die ich so genial finde an GP sind eben auch die, die sich von TM unterscheiden. Als Beispiele:
-Variabler Spielaufbau: Spielbrett, Gewinnbedingungen, Booster, Technologien werden jedes mal aufs neue zusammengestellt. Einiges davon ist auch bei TM so, aber nicht alles
-sehr ausgeglichene Völker die sich teils grundlegend voneinander unterscheiden, aber die sich nie auf eine bestimmte Spielweise runterbrechen lassen
- verdammt gut im 1:1 oder Solo
- Das Forschungstableau finde ich einfach überragend, soll auch eine der größten Änderungen sein
Gibt noch ein paar mehr Punkte, aber das sind die 4 Wichtigsten für mich am gesamten Spiel. Von mir gibts eine glatte 100 von 100 Punkten 
Aber ist dennoch eine schwere Frage, gibt halt auch ein paar Punkte die für TM sprechen. Sind auch ein paar tolle und aufschlussreiche Meinungen zusammengekommen. Tolles Forum, richtig nett auch. Hoffe dass Mafit bei der Entscheidungsfindung geholfen werden konnte