Ich mag generell sowohl Holz als auch Miniaturen. Es kommt immer auf die Art von Spiel an und wie es dazu passt.
Bei Gaia Project finde ich, dass zu dem SciFi/Weltraum-Setting die modellierten Kunststoff-Bauten deutlich besser passen. Ich mag auch die Umsetzung sehr gerne. Terra Mystica kann ich mir nur schwer mit Plastik vorstellen. 
Um ein anderes Beispiel zu nennen: Bei Catan habe ich die Holz-Version bevorzugt. Erst recht, weil die Kunststoff-Version zumindest anfangs teils schlecht gemacht war (abbrechende Ritter-Stangen etc.). Wie es mittlerweile ist, weiß ich nicht, hatte vor zig Jahren nur die erste Version gesehen. Getoppt wurde die Holz-Version damals meines Erachtens nach nur von der limitierten 3D-Version in der Truhe, mit den enthaltenen, modellierten Figuren. 