Erstmal sauber machen und Gully freilegen. Solange die Abdichtung noch dicht ist würde ich da gar nix aufschneiden.
Loch auffüllen mit Ausgleichsschüttung die auch aushärtet (zB. Nevolit).
Dann eine Polymerbitumenbahn drüber schweißen.
Kaltselbstklebebahnen oder irgendein Kleber kannst da vergessen, wird nie richtig dicht.
Höchstens noch mit Flüssigkunststoff, ist aber teuer.
Ich würde da einen ortsansässigen Dachdecker beauftragen, sollte an einem halben Tag zu machen sein...
Auf der anderen Seite war es ja wohl die letzten 20 Jahre auch gut, von daher eventuell im Zuge einer zukünftigen Sanierung komplett machen lassen.
Grüße