Moin,
ich vermute, Du meinst, wenn Du von Adobe sprichst, Adobe Acrobat oder doch die Creative Suite?
Beim doppelseitigem Druck benötigst Du immer eine gerade Seitenzahl (1 Blatt = 2 Seiten). Also wäre Dein Problem gelöst, indem Du eine Leerseite einfügst.
Wenn Du ein PDF mit unterschiedlichen Seitenformaten benötigst, sollte das mit Illustrator klappen. Alternativ im Acrobat verschiedene Quellen zusammenfügen. In InDesign kannst Du ein Dokument mit 4 Seiten anlegen (Doppelseiten). Dann wird 1 und 3 eine rechte Seite und 2 und 4 eine Linke. Die Seiten 2 und 3 werden im Layout als eine durchgängige Fläche angezeigt, sind technisch aber 2 Seiten.
Vielleicht habe ich Dich aber auch vollkommen missverstanden ...