Nach meinem Eindruck würde ein begrenzt freigegebener Deckbau, etwa durch freie Kombination von Teildecks, nur funktionieren, wenn man wüßte, nach welchen Kriterien die erlaubten "unique decks" von FFG zusammengestellt werden. Wenn man diese Kriterien kennen würde (Konjunktiv, weil eher unrealistisch!), dann wäre nichts dagegen einzuwenden, wenn man sich ein Deck zusammenbauen würde, das man rein theoretisch beim Kauf im Laden auch hätte erhalten können.
Ansonsten sind beim freien Zusammenbau meiner Einschätzung nach sofort Balance-Probleme zu erwarten, denn gerade in der Definition von erlaubten und verboten Kombinationen liegt ein Großteil dessen, was der "unique game"-Ansatz einem Autor an Design-Freiheiten lässt. Und weil Richard Garfield und FFG keine Amateure sind, darf man ruhig davon ausgehen, dass solche Freiheiten gezielt ausgenutzt worden sind. Anders gesagt: mit völlig freier Kombination sind wir sofort im "overpowered"-Bereich.
Ich halte es zwar für möglich, aber für äußerst unwahrscheinlich, dass solche Begrenzungen bloß innerhalb der einzelnen Häuser existieren sollen und fertige Decks dann durch komplett freie Kombination solcher erlaubten Teildecks entstehen würden. Das würde ich als Autor/Verlag alleine schon deshalb nicht machen, um ein reverse engineering zu erschweren und meine geheime Kombinationsformel zu schützen. Das "welche Karten mit welchen Funktionen können in einem unique Deck in welcher Kombination landen?" ist ja gerade das wesentliche Know How hinter Keyforge. Wenn diese Formel rauskommt, gibt's ein paar Tage später Deckgeneratoren zum Download in Internet und das ganze Geschäftsmodell wackelt.